工程结算的程序应注意以下几个方面：

1.工程结算的前提是工程竣工验收合格。每项合同所对应的工程施工完成后，包括总包.所有分包.材料设备等，都要进行四方验收。

2.四方验收时除签发合格证书外，还应制作表格对应合同进行验收，明确乙方完成的工程量增减情况，并经乙方.监理.甲方工程人员.预算人员签认。

3.每项工程验收合格后，按合同约定及时进行工程结算，乙方汇总整理所有结算资料，上报监理及甲方。

4.监理负责审核结算资料的完整性，资料必须完整齐备符合竣工资料的验收要求，审核结果反馈给甲方乙方。

5.甲方的预算，原则上应该自己审核，如果招标时的工程量清单由咨询公司编制，则可以由该公司负责审核，甲方的预算及工程人员配合完成结算工作。

6.甲方初步审核后，与乙方进行核对谈判，重大分歧汇总上报各方主管领导解决。

7.双方核对达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，经同意后在结算书上签发书面意见。

8.结算完成后，由乙方提出结算付款申请，甲方预算审核后，由甲方主管领导签发后交财务付款。

法律依据：《建设工程价款结算暂行办法》 第十三条工程进度款结算与支付应当符合下列规定：(一)工程进度款结算方式

1.按月结算与支付。即实行按月支付进度款，竣工后清算的办法。合同工期在两个年度以上的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。

2.分段结算与支付。即当年开工.当年不能竣工的工程按照工程形象进度，划分不同阶段支付工程进度款。具体划分在合同中明确。